儒家思想成为两汉时期钦定的正统思想，尊称孔子为“素王”孔子在中国历史上影响最大。他在世时，虽然政治上是不得意的，但却以博学多识而驰名鲁国内外。他逝世时，鲁哀公在诔词中尊称他为“尼父”。战国时，百家争鸣，在思想家、政治家中首推孔子和墨子。儒家后学对孔子自然倍加颂扬。孟子曾说:“出乎其类，拔乎其萃，自生民以来，未有盛于孔子也。”荀子则称孔子是足与“三王”（夏禹、商汤、周武）和周公比德齐名的“圣人”。连法家的韩非子也曾说了“仲尼为政于鲁，道不拾遗，齐景公患之”的话。
秦始皇重用新礼乐派，焚书坑儒，但秦仅仅三世十五年而已。汉高祖刘邦于公元前年过曲阜，以太牢祭祀孔子。汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”以后，《五经》立于学官，儒家思想成为两汉时期钦定的正统思想，尊称孔子为“素王”。司马迁的《史记》中专列了《孔子世家》一篇，并赞誉道:“天下君王至于贤人众矣，当时则荣，没则已矣。孔子布衣，传十余世，学者宗之。自天子王侯，中国言六艺者折中于夫子，可谓至圣矣！”一种思想和理论一经产生，并发生了社会影响，它就脱离了思想家自己确定的轨道，而听命于社会历史的摆布。
尽管这种思想和理论的产生，有其特定的历史原因和萌发的土壤，但是，这种历史出发点，并不能决定它一定成为所产生的思想和理论的历史归宿点。历代封建统治者尊孔崇儒是儒家思想有利于统治阶级的需要而决定的。因此，随着社会历史的演变，儒家后学对孔子的思想既有继承，又有不同的阐发，以至曲解改变，甚至走向极端。后世以孔子名义来宣传的儒学思想，是儒学发展史上的一个阶段，但这同孔子学说的原貌是不完全相同的。孔子死后的战国时，“儒分为八”，对社会发生深远影响的是孟轲为代表的“孟氏之儒”和荀卿（孙卿）为代表的“孙氏之儒”。范文澜把孟子派划为“仁义派”，子派为“礼乐派”。
战国末期，荀子以孔子关于礼乐的学说为主，继承、综合了道家和前期法家的理论，并在新的历史条件下加以改造、提高，形成集先秦诸子之大成的荀学。秦朝时，荀子派战胜了孟子派。荀子的学生李斯、韩非把他的学说运用秦国，使秦完成统一大业，但他们又片面地发展了荀子思想，提出了专任法术势的法家理论，导致秦朝的速亡自西汉以来，儒学脱离了原始儒学的阶段而进入了经学阶段。今文经学大师董仲舒为汉武帝封建大一统的需要，提倡“天人感应说”，作为“五权神授”的理论根据给“阴阳五行说”涂上了浓厚的神秘色彩把西周以来的宗教神秘主义推至新的顶点。董仲舒把历来讲的”五伦”，发展成三纲；即君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲，把臣、子、妻置于绝对服从的地位。他说:“王道之三纲，可求于天。”“天者，百神之大君也。”
“三纲”加上“神权”，构成了封建社会的四大绳索，以愚弄世人。后来，这种理论又把孔子所强调的“仁”、“义”、“礼”、“智”“信”五项道德情操揉合为“五常”，成为封建社会的“纲常名教”。因此，汉武帝接受了他的建议而“罢黜百家，独尊儒术”。“经学”思想成为唯一的正宗思想。东汉时，董仲舒的思想继续发展为“谶纬神学”。从而把儒家的“六经”神秘化，把儒学思想宗教化，把孔子教主化了刘秀就是利用图谶夺取政权的。与此同时，以刘歆、扬雄、桓谭、王充等人为代表的古文经学家，反对把孔子神化，认为孔子是“人”，是“君子”而不是神。在汉代，这种思想对阻止今文经学宗教化方面起了积极的作用魏晋时期，王弼、何晏、夏侯玄等开玄学清谈风气，“援老人儒”；继之稽康、阮籍得出了“越名教而任自然”。
否认儒家礼教的繁琐形式，以老庄学说理解、注释儒家经典。玄学是儒学的一种形式或发展阶段，实际上是提高了儒家名教的精神境界。隋唐时，佛教盛行。有人“援佛入儒”，吸取了某些佛教哲理作为儒家哲学的养分。陆德明的《经典释文》就是把《老子》《庄子》列入了经典，打破了经典只在儒家的含义。唐太宗令孔颖达作《五经正义》，从经学史上说，是两汉、魏晋、南北朝以来经学的统一；从儒学发展史上说，是经学时代的结束和理学时代的开启。韩愈、柳宗元倡导古文运动，主张从尧舜至孟子一脉相传的“道统”，提出“文以载道”，反对佛、道。这种思想又被后来理学家们全盘接受，成为经学发展的一个阶段。
到了宋代，理学家对“道统”又作了发展，特别是朱熹，把《尚书·大禹谟》中的“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”四句作为“道统”真传，从而变成了理学“道心”与“人欲”对立的天理人欲说，引出了“存天理，灭人欲”的理学思想。他把孔子强调的德才并重的“举贤才”的政治理论，曲解为“德胜才谓之君子，才胜德谓之小人”，阉割了孔子的“才”。他所强调的“德”，是要人民俯首贴耳，任令封建政治的压迫和剥削。同时，他们还强调“三纲”、“五常”为“天理”，妇人有“三从四德”，篡改了孔子主张的夫妇和（睦）的平等的原则。理学不同于经学的是，他们注重发挥儒家哲学的精神实质，并构建了自己的理论体系，而不是支离破碎地拘守章句、训释辞义、而在理论上无所建树。理学上的“道统”，是通过道、释二家的批判吸收来实现的，从儒家发展史的角度看，无疑是一发展。